Le macrostrutture operative dell’Azienda sono i Dipartimenti Strutturali, le Aree e i Dipartimenti funzionali. 

La composizione e la tipologia dei Dipartimenti è dettata dalla necessità di garantire, in analogia con i principali ospedali pediatrici italiani, la specificità e la gestione integrata di area di assistenza complessa, le quali, indipendentemente dalla numerosità della casistica trattata, presentano livelli di specializzazione ed infungibilità, con ruolo esclusiva o largamente prevalente nell’ambito dell’offerta sanitaria regionale.

L’Azienda è parte del Dipartimento Integrato delle Emergenze (DIE) dell’area territoriale di riferimento di cui al D.C.A. n. 57 del 14.06.2012.